Московский государственный гуманитарно-экономический университет создан постановлением Совета Министров от 11.10.1990 г. № 1011 «Об организации в г. Москве института-интерната для инвалидов».
В начале 1988г. сотрудник института ядерной физики МГУ, профессор, инвалид с детства Л. А. Саркисян выдвинул предложение о создании в Москве высшего учебного заведения — интерната для инвалидов-опорников.
11 октября 1990г. было принято постановление Совета Министров СССР об организации Московского института-интерната для инвалидов с нарушением опорно-двигательной системы.
В ноябре того же года Л.А. Саркисян был назначен ректором института. Таким образом, в России впервые было создано высшее учебное заведение нового типа для людей с ограниченными возможностями.
В 1992 году в институте открылось подготовительное отделение, на котором обучалось 48 слушателей, 10 из них были «колясочниками».
К 1993 году было создано пять факультетов: экономический, юридический, иностранных языков, прикладной математики и информатики и факультет книгоиздания и редактирования. С 2001 по 2006 годы институт возглавлял профессор Н. А. Корягин.
В этот период благодаря слаженной работе коллектива было продолжено развитие института.
Приказом Минобразования России от 04.06.2002 г. № 2089 Московский институт-интернат для инвалидов переименован в государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Московский государственный гуманитарный институт-интернат».
Приказом Министерства образования и науки РФ от 14.07.2005 г. № 682 государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Московский государственный гуманитарный институт-интернат» переименовано в государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования для инвалидов с нарушением опорно-двигательной системы «Московский государственный социально-гуманитарный институт».
Приказом Министерства образования и науки РФ от 27.05.2011 г. № 1890 государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования для инвалидов с нарушением опорно-двигательной системы «Московский государственный социально-гуманитарный институт» переименовано в федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования для инвалидов с нарушением опорно-двигательной системы «Московский государственный гуманитарно-экономический институт».
Приказом Министерства образования и науки РФ от 15.07.2011 г. № 2140 федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования для инвалидов с нарушением опорно-двигательной системы «Московский государственный гуманитарно-экономический институт» реорганизовано путем присоединения к нему ФГОУ СПО «Волгоградский государственный колледж профессиональных технологий, экономики и права», ФГОУ СПО «Калмыцкий государственный финансово-экономический колледж», ФГОУ СПО Челябинского профессионально-педагогического колледжа.
Приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 06 июня 2014 года № 638 ФГБОУ ВПО для инвалидов с нарушением опорно-двигательной системы «Московский государственный гуманитарно-экономический институт» переименован в федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение инклюзивного высшего образования «Московский государственный гуманитарно-экономический университет».
